En 1926, el esposo de su tía, Alexander Jamie, un agente del FBI, le aconseja ingresar en el sistema penal. En 1927 Ness se unió al Departamento del Tesoro, trabajando con los 300 fuertes de la Oficina de Prohibición de Chicago.

Luego de la elección del presidente Herbert Hoover, Andrew Mellon fue el encargado de detener a Al Capone.

El gobierno federal abordó el problema desde dos direcciones: evasión de impuestos y contrabando de alcohol. Ness fue escogido para encabezar las operaciones relacionadas con el contrabando de alcohol, apuntando a las cervecerías ilegales y las rutas de suministro de Capone.

Con la corrupción reinante entre los agentes de policía, Ness examinó los registros de todos los agentes del tesoro para formar un equipo fiable, inicialmente de cincuenta, más tarde reducido a quince y finalmente a solamente nueve hombres quienes más tarde serían conocidos como 'Los Intocables'. Muchas redadas contra destilerías y cervecerías comenzaron inmediatamente; en menos de seis meses Ness clamaba haber descubierto cervecerías que generaban más de un millón de dólares de ganancias. La principal fuente de información para las redadas era una extensa operación de intervención de teléfonos.

Una tentativa de Capone de sobornar a los agentes de Ness fue aprovechada por el agente como publicidad, obteniendo para su equipo el apodo de "Los Intocables" por parte de los medios de comunicación. Hubo varias tentativas de asesinato sobre Ness y uno de sus amigos íntimos fue asesinado.

Los esfuerzos de Ness y su equipo tuvieron un serio impacto sobre las operaciones de Capone; sin embargo, la evasión de impuestos era el arma clave. En un cierto número de grandes procesos federales llevados a cabo en 1931, Capone fue acusado de veintidós casos de evasión fiscal y de cerca de cinco mil violaciones de la Ley Volstead (prohibición de vender alcohol). El 17 de octubre de 1931, Capone fue condenado a once años, y después de una apelación fracasada, comenzó su sentencia en 1932.

Ness fue promovido a Investigador Principal de la Oficina de Prohibición para Chicago y en 1934 para Ohio. Después del final de la Ley Seca en 1935, accedió al puesto de Director de Seguridad Pública en la administración local de Cleveland. Dirigió una campaña para limpiar de corrupción los cuerpos de policía y bomberos, y también abordar el juego ilegal y otros entretenimientos.

La inhabilidad de Ness para capturar al Asesino de Torso de Cleveland (El primer Serial Killer de Estados Unidos), un asesino en serie vicioso que actuaba en el área de Cleveland durante mediados de los años 1930, también puede haber contribuido a su salida de lo que hubiera sido de otra manera una carrera razonablemente acertada en Cleveland. Dimitió en 1942, después de un supuesto accidente de coche. Se dice que había conducido bajo la influencia del alcohol.

Ness se mudó entonces a Washington, DC y trabajó para el Gobierno Federal. En 1944 se marchó para ocupar el cargo de presidente de la Diebold Corporation, una empresa de sistemas de seguridad situada en Ohio. Se postuló sin éxito para alcalde de Cleveland en 1947 y fue despedido de su trabajo en Diebold el mismo año. Más tarde se trasladó a Coudersport, Pensilvania, para trabajar en el North Ridge Industrial. Su libro, Los Intocables (The Untouchables), fue publicado en 1957, poco antes de su muerte a los 54 años debida a un infarto el 16 de mayo de 1957.

Estuvo casado tres veces y tenía sólo un hijo (por adopción). Sus cenizas fueron dispersadas en una de las pequeñas charcas sobre las tierras del Cementerio Lakeview en Cleveland.

Numerosas series de televisión y películas han sido inspiradas (vagamente) en su vida, elevando la imagen de Ness como un agente de la ley intrépido e incorruptible de leyenda. Las más conocidas son probablemente la serie de TV de los años 1950/1960 que destaca a Robert Stack como Ness y la película de Brian De Palma ganadora de un Oscar con Kevin Costner como protagonista interpretando a Ness; ambas fueron tituladas Los Intocables. Eliot Ness es también el protagonista de la novela gráfica Torso, de Brian Michael Bendis, y lo será de una película actualmente en etapa de pre-producción basada en dicha novela. También se encuentra a Eliot Ness en el episodio de Los Simpson Homer vs. The Eighteenth Amendment, donde es satirizado mediante el personaje de Rex Banner. También hace una aparición en la serie Supernatural en su séptima temporada en el capitulo 12 "Time After Time", cuando Dean Winchester viaja al pasado al intentar atrapar a un dios llamado Chronos, dios del tiempo, donde Eliot Ness también es un cazador al igual que los Winchester y ayuda a atrapar al dios del tiempo.

La empresa de elaboración de la cerveza de los Grandes Lagos hace una cerveza en su honor, "The Eliot Ness".