Yoko nació en Japón y pertenece a una familia rica de la aristocracia japonesa. Su padre era pianista de vocación, pero banquero de profesión. Desde muy pequeña recibió educación en música y composición, y llegó a dar su primer concierto a los cuatro años de edad. Su familia se fue a los Estados Unidos, pero pronto volvió a su patria debido al sentimiento en contra a los japoneses que surgió durante la primera Guerra Mundial.

En los años cincuenta, Yoko se mudó a Nueva York. Su piso era un punto de encuentro para realizar performances (donde se incluían música, poesía y diferentes tipos de lecturas). Su primera exposición como artista plástica fue realizada en 1961 en la neoyorquina AG Gallery. En 1962, se divorcio de su primer marido, regresó a Japón y contrajo matrimonio con un hombre llamado Anthony Cox , un músico de jazz, con quien volvió a Nueva York en 1964, tuvieron una hija llamada Kyoto, en 1963, que le robo el marido y que Yoko no volvió a ver sino hasta 1998, esto fue antes de casarse con Lennon.

Yoko Ono fue, realmente, durante las décadas del ´60 y ´70 una de las protagonistas del nacimiento y desarrollo de las tendencias del arte vanguardista de aquel entonces, como el arte conceptual y el movimiento “Fluxus”, del cual fue su fundadora. Este movimiento estaba íntimamente ligado a lo musical. También escribió un libro, Grapefruit (célebre obra de dibujos y piezas de arte), y ha realizado unas 16 películas conceptuales entre 1964 y 1972 (de las que se destaca Fly).

En 1969 se casó, en Gibraltar, con la leyenda de Los Beatles, Jhon Lennon (quien se había divorciado de Cynthia Powell). Ambos se conocieron en 1966 en un museo. Fue Yoko quien indujo a John a experimentar más allá de la música. Incluso fue culpada por muchos fanáticos, críticos, por la separación de Los Beatles (en 1970), debido a que ambos estaban siempre juntos, lo cual molestaba a los demás integrantes del grupo.

En 1975 la pareja tuvo a su único hijo, Sean. Cinco años después, Johnn Lennon fue asesinado, pero su relación no fue tan maravillosa como parecía ser. En 1973 John dejó a Ono y se marchó con secretaria, May Pang. Luego Yoko lo buscó y ambos volvieron a estar juntos. Tras la muerte de su marido, ella fue llamada la viuda profesional, ya que utilizó la imagen de John con fines comerciales. Por ejemplo, presentó exposiciones con los dibujos que heredó de John, que luego vendió en los hoteles más lujosos del mundo, y produjo discos con canciones inéditas de él.

Se la ha considerado como una de las artistas que más influyeron en la formación del género y la cultura punk. Ha grabado discos, ha escrito libros, y es activista política.