En 1979, a los quince años, dejó los estudios y formó su primera agrupación, llamada Deimos, en donde fue como vocalista y guitarrista, en compañía de José Navarro (batería) y Salvador de la Fuente (guitarra). Al desintegrarse Deimos, en 1981, le siguieron In Memoriam y Frac. En 1985 creó una nueva agrupación llamada Las Insólitas Imágenes de Aurora, título de un cuento escrito por Hernández en su infancia. Este grupo se creó para amenizar una fiesta organizada por el ahora director de cine Carlos Marcovich, quien lo presentó a su hermano Alejandro. Ése sería también el primer grupo al que se incorporaría el baterista Alfonso André, quien a partir de ese momento participaría en todos los proyectos de Saul. La fama de Las Insólitas creció muy rápidamente en el ámbito underground mexicano, al tiempo que sus integrantes participaban en las presentaciones en TV del cantante argentino Laureano Brizuela entre otros, con el fin de reunir dinero para adquirir instrumentos y equipo.
Tras la desintegración de Las Insólitas Imágenes de Aurora, el demo del grupo había circulado ampliamente por la Ciudad de México, por lo que cuando Caifanes (la nueva agrupación) hizo su primera aparición en 1987 en un foro llamado Rockotitlán, el lugar en Insurgentes Sur se abarrotó y muchos seguidores quedaron fuera.
Caifanes consiguió muy pronto un contrato con el sello BMG / Ariola y comenzaron a cosechar éxitos desde su primer sencillo: Mátenme porque me muero. Además, fue de los primeros grupos mexicanos de su género, difundidos en la radio y televisión mexicanos, hasta entonces dedicados únicamente a la promoción de músicos pop y baladistas de poca monta.
Si bien tuvieron éxito comercial desde su primer sencillo, fue hasta la promoción de La célula que explota (1990) que se situaron como banda de culto entre los grupos mexicanos. La aparición de El silencio, en 1992, fue ampliamente aceptada y el grupo se convirtió en un fenómeno en gran parte de Hispanoamérica y los Estados Unidos. En esos días Hernández comenzó a luchar contra su adicción a la cocaína.
Paralelamente, participó como guitarrista en un grupo de improvisaciones llamado La Suciedad de las Sirvientas Puercas, al lado del peculiar cantante autodenominado "El Dr. Fanatik" (José Arturo Fagoaga), Alfonso André, el guitarrista José Manuel Aguilera y el bajista Federico Fong. De dicha participación, existe un disco de mediana calidad grabado durante alguna de sus presentaciones en vivo, en las que los integrantes de la banda, salvo el Dr. Fanatik, solían vestirse con atuendos viejos y desgastados de mujer, (como vestidos, blusas, brassieres, etc.), así como usar maquillaje femenino muy llamativo como lápiz labial, sombras y rímel.
En 1995, durante la gira de El nervio del volcán, las disputas entre Saúl Hernández y el guitarrista Alejandro Marcovich llevaron al grupo a su disolución.
BMG propuso a Saúl comenzar una carrera como solista, con un primer disco producido por Adrian Belew, sin embargo él, que siempre se ha considerado como miembro de un grupo, decidió armar una nueva banda: Jaguares; constituida bajo el precepto de ser un taller creativo que, bajo la batuta de Hernández, alternaría músicos de un disco a otro.
La primera alineación del grupo fue extrapolada de La Suciedad de las Sirvientas Puercas, participando José Manuel Aguilera en la guitarra principal, y Federico Fong al bajo. La primera producción: El equilibrio de los Jaguares sale a la venta en 1996. En esta grabación se aprecia la voz de Saúl, ya afectada por las cirugías. No obstante, el disco está considerado como de los de mayor calidad del grupo, y del género en México.
El segundo álbum, Bajo el azul de tu misterio (1999), consta de dos discos, uno con grabaciones en concierto, tocando éxitos de ambas agrupaciones, y otro con 10 temas inéditos grabados en estudio. Para esta producción, la alineación del grupo cambia, entrando Sabo Romo (antiguo integrante de Caifanes) al bajo, y participan César López 'el Vampiro' (ex-integrante del grupo Maná) y Jarris Margalli en las guitarras. Durante la grabación del disco, nace Zoey, hija de Hernández, para quien escribió el tema Tú.
Posteriormente, y ya con una alineación fija (Saúl Hernández, César López, y Alfonso André), la agrupación lanza 3 discos más. En el 2001 sale a la venta: Cuando La Sangre Galopa, de corte alternativo, experimentando diversos estilos. En 2002 sale a la venta El Primer Instinto, consistente de versiones acústicas de canciones de Caifanes y Jaguares, y dos nuevos temas.
Crónicas de un Laberinto sale en el 2005, el cual no fue tan promocionado por su casa disquera y en ese mismo año; salió el disco recopilatorio denominado: De Caifanes a Jaguares. En el 2008 regresan con un álbum titulado [45], el cual fue grabado en sesión maratónica de 7 días, contando con la participación como músico invitado, del teclista Diego Herrera, miembro fundador de Caifanes, para muchos el mejor grupo de rock mexicano que ha existido y con quienes se convirtió en figura destacada en la escena de la música rock en México de los años noventa
Desde hace años ha sido activista en la defensa de los derechos humanos, notablemente en los asesinatos de Ciudad Juárez y el respeto a la vida de los inmigrantes mexicanos a Estados Unidos. Apoya a Amnistía Internacional.
Ahora Saúl anuncia su etapa como solista: “Hace tiempo que lo venía pensando, no estaba seguro de dar el paso, incluso sólo lo pensaba para mí. Recuerdo que fue cuando estábamos grabando ‘Crónicas de un laberinto’ (2005) que le comenté a Alfonso (baterista) mi inquietud”, recuerda Saúl en entrevista telefónica con “Reforma” desde su casa, en Playa del Carmen. “Ahí se quedó la idea, la estacioné un poco. Tenía hasta cierto miedo, porque ya es sólo un proyecto personal, es algo que sólo haré yo, y la responsabilidad ya no recae en cuatro, en más opiniones, sólo en mí”. “Apenas estamos cerrando la gira de 45. No tenemos más planes que descansar, y yo ya estoy por entrar al estudio. Terminaré las primeras canciones en noviembre, el sencillo sale en diciembre, y el disco, lo más probable es que esté en febrero. “Los títulos de las canciones varían; del álbum, ni pensarlo. De lo que estoy seguro es de que ahora haré música más introspectiva, menos metafórica, yo soy muy directo, no me gusta lo rebuscado. Será un disco muy honesto, transparente. Estoy trabajando en letras que son una labor de reconocimiento, de autoexploración”
Ahora me siento mucho más libre de componer lo que quiera, porque ya no tengo que pensar por cuatro sino por mí, las canciones son más introspectivas, no tan metafóricas. Destaca la batería, el bajo, es un disco muy orgánico”, añadió.
Mientras Jaguares hace una pausa en su carrera -en abril de 2011- Saúl se dedicó de lleno a la promoción de su disco solista, y poco tiempo después se anunció el reencuentro de Caifanes, quienes regresaron en el Vive Latino y después en el Festival de Coachella. Los seguidores se sorprendieron cuando sacaron "Heridos" en 2019 tema que supuso el lanzamiento de un nuevo disco.
